Стандартная процедура обновления заключается в следующем:
1. Правим список репозиториев в "/etc/apt/sources.list" на актуальные.
2. Запускаем обновление, выполняя
apt-get dist-upgrade

3. Перезапуск, командой:
shutdown -r now

После такого обновления часто в системе остаются не удаленные пакеты.
Их список можно посмотреть командой:
dpkg -l | grep ^rc

Чтобы от них избавиться, выполняем следующую команду:
dpkg -l | grep ^rc | cut -d' ' -f3 | xargs dpkg -P